如果洗車店員誤將客人價值萬元的水晶原石扔掉，這是一種嚴重的疏忽和錯誤行為，洗車店應該對此進行深入調查，并采取適當的措施來彌補客戶的損失。

洗車店應該盡快與客人聯系，向他們道歉并解釋錯誤的發生，他們應該提供一些補償措施，例如重新購買相同品質的水晶原石或者給予一定的現金賠償。

洗車店應該加強員工培訓，確保他們了解各種物品的特性和價值，以避免類似的錯誤再次發生，洗車店還應該建立完善的庫存管理系統，以確保物品的安全和準確性。

如果客人對洗車店的補償方案不滿意，他們可以尋求法律援助，以保護自己的權益，在這種情況下，洗車店應該積極配合調查，并提供所有相關的證據，以協助解決問題。

洗車店員誤將客人萬元水晶原石扔掉是一種嚴重的錯誤，應該采取適當的措施來彌補客戶的損失，并加強員工培訓和庫存管理。