結婚16年生了三個孩子結果發現不是親生的，當事人已經離婚這種情況的處理方式如下：

* 確定雙方是否有生育孩子的能力，如果雙方能夠確認沒有生育能力，那么最簡單直接的方法就是找到孩子的親生父母，通過親子鑒定確認關系。

* 如果雙方還有生育能力，需要反思究竟是誰的問題，是否是有人出軌或者做了什么對不起對方的事情，如果查清事實，還想繼續維持婚姻關系，雙方應該坐下來好好溝通，同時也要給孩子一個說法。

* 如果無法維持婚姻關系，雙方可以通過協商或者通過法律途徑來解決孩子的撫養權問題。

以上建議僅供參考，如果情況復雜，可以咨詢法律專業人士，獲得更具體的建議。